第四軍醫(yī)大學(xué)研究生教育始于1962年，招收4屆31名研究生。1978年起恢復(fù)研究生教育，開(kāi)始招收研究生，1981年，成為全國(guó)首批碩士、博士學(xué)位授予單位。2000年6月，經(jīng)教育部批準(zhǔn)試辦研究生院，2001年6月正式建院，2004年6月順利通過(guò)評(píng)估。研究生院下設(shè)招生處、教學(xué)培養(yǎng)處和學(xué)位與學(xué)科建設(shè)處，承擔(dān)著研究生招生、就業(yè)指導(dǎo)、教學(xué)培養(yǎng)、學(xué)位授予、博士后管理以及學(xué)科建設(shè)、“211工程”建設(shè)等工作。
研究生院依托學(xué)校雄厚的辦學(xué)實(shí)力，為研究生的培養(yǎng)創(chuàng)造了良好的學(xué)科環(huán)境。擁有博士后流動(dòng)站10個(gè)，博士學(xué)位一級(jí)授權(quán)學(xué)科11個(gè)、自主設(shè)置目錄外二級(jí)學(xué)科10個(gè)、交叉學(xué)科5個(gè)，二級(jí)授權(quán)學(xué)科65個(gè)，碩士學(xué)位授權(quán)一級(jí)學(xué)科12個(gè)，二級(jí)（三級(jí)）學(xué)科69個(gè)；擁有專(zhuān)業(yè)學(xué)位博士授權(quán)種類(lèi)2個(gè)，專(zhuān)業(yè)學(xué)位碩士授權(quán)種類(lèi)10個(gè)，形成了以醫(yī)學(xué)為主，涵蓋哲學(xué)、教育學(xué)、理學(xué)、工學(xué)、管理學(xué)等6個(gè)學(xué)科門(mén)類(lèi)，以學(xué)術(shù)學(xué)位為主、兼顧專(zhuān)業(yè)學(xué)位的學(xué)位授權(quán)體系。擁有國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科15個(gè)、國(guó)家重點(diǎn)培育學(xué)科4個(gè)，國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室2個(gè)，“211工程”三期重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科12個(gè)，軍隊(duì)“2110工程”三期重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科4個(gè)，總后“530”二期重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科4個(gè)，“長(zhǎng)江學(xué)者”特聘教授設(shè)崗學(xué)科18個(gè)，全軍醫(yī)學(xué)中心（專(zhuān)病）研究所25個(gè)，全軍醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室13個(gè)，還有國(guó)家臨床藥理基地3個(gè)，國(guó)家“863”細(xì)胞工程中心1個(gè)，全軍臨床藥理基地1個(gè)。
現(xiàn)有研究生導(dǎo)師894人，其中博士生導(dǎo)師310人，碩士生導(dǎo)師584人。導(dǎo)師隊(duì)伍中有中國(guó)科學(xué)院院士1人，中國(guó)工程院院士3人，“長(zhǎng)江學(xué)者獎(jiǎng)勵(lì)計(jì)劃”特聘教授20人， “973項(xiàng)目”首席科學(xué)家7人，杰出青年基金獲得者14人，國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)學(xué)科評(píng)議組成員4人，有21人次在國(guó)際學(xué)術(shù)組織中擔(dān)任理事以上職務(wù)。
截至2014年8月，已為國(guó)家和軍隊(duì)培養(yǎng)研究生13000余人，其中博士研究生3500余人。目前，在校研究生2085人，其中博士621人。獲得全國(guó)優(yōu)秀博士學(xué)位論文11篇、提名論文11篇；全軍優(yōu)秀博士學(xué)位論文34篇、優(yōu)秀碩士學(xué)位論文40篇；陜西省優(yōu)秀博士學(xué)位論文78篇。畢業(yè)生中多數(shù)成為了軍內(nèi)外醫(yī)療衛(wèi)生領(lǐng)域的骨干和學(xué)科帶頭人。
建立了比較規(guī)范的研究生培養(yǎng)體系，形成了研究生培養(yǎng)與科學(xué)研究緊密結(jié)合、學(xué)術(shù)學(xué)位與專(zhuān)業(yè)學(xué)位研究生分軌培養(yǎng)的培養(yǎng)機(jī)制，完善了入學(xué)選拔、課程學(xué)習(xí)、課題研究、實(shí)踐活動(dòng)、畢業(yè)答辯和和學(xué)位授予等系列完備的質(zhì)量保證體系。近年來(lái)，積極開(kāi)展研究生教育創(chuàng)新活動(dòng)，大力開(kāi)展地方生推薦免試攻讀碩士學(xué)位、碩博連讀、直接攻博、博士課題資助、公派研究生出國(guó)項(xiàng)目、研究生獎(jiǎng)助學(xué)金等，人才培養(yǎng)質(zhì)量得到進(jìn)一步提升。
在新的歷史時(shí)期，研究生院將以科學(xué)發(fā)展觀為指導(dǎo)，深入實(shí)施“精品建校、陽(yáng)光治校”方略，緊緊圍繞培養(yǎng)符合國(guó)家、軍隊(duì)需求的高層次醫(yī)學(xué)人才的目標(biāo)，以“質(zhì)量”為核心，深化改革，創(chuàng)新機(jī)制，不斷推進(jìn)學(xué)校研究生教育科學(xué)發(fā)展。
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