南通大學(xué)理學(xué)院由原南通醫(yī)學(xué)院，南通工學(xué)院，南通師范學(xué)院三所高校的數(shù)學(xué)系、物理系、應(yīng)用數(shù)學(xué)系、基礎(chǔ)部合并組建而成，是2004年南通大學(xué)組建后首批設(shè)置的學(xué)院之一?，F(xiàn)有數(shù)學(xué)、物理學(xué)一級學(xué)科碩士點(diǎn)，是南通大學(xué)重點(diǎn)學(xué)科?，F(xiàn)有6個本科專業(yè)：數(shù)學(xué)與應(yīng)用數(shù)學(xué)（師范）、應(yīng)用統(tǒng)計(jì)學(xué)、信息與計(jì)算科學(xué)、物理學(xué)（師范）、應(yīng)用物理學(xué)、光電信息科學(xué)與工程，其中，物理類專業(yè)為江蘇省重點(diǎn)專業(yè)類。目前，在院本科生近1300人，碩士研究生近60人，與香港浸會大學(xué)合作聯(lián)合培養(yǎng)本碩連讀研究生。
　　學(xué)院設(shè)有分析與動力系統(tǒng)研究所、應(yīng)用統(tǒng)計(jì)與大數(shù)據(jù)研究所、計(jì)算數(shù)學(xué)與力學(xué)研究所、光電工程材料及光譜檢測技術(shù)研究所、產(chǎn)業(yè)化前瞻性技術(shù)研發(fā)中心，設(shè)有大學(xué)物理實(shí)驗(yàn)中心（省級實(shí)驗(yàn)示范中心）、數(shù)學(xué)建模中心實(shí)驗(yàn)室等實(shí)踐教學(xué)機(jī)構(gòu)。
　　學(xué)院師資力量雄厚，現(xiàn)有教職工145人，其中專任教師117人，碩士生導(dǎo)師 55人。學(xué)院有教授21人，副教授55人，高級實(shí)驗(yàn)師8人，具有博士，碩士學(xué)位的教職工的比例為92%。先后涌現(xiàn)了全國“五一”勞動獎?wù)芦@得者、享受國務(wù)院特殊津貼專家、江蘇省“333”工程第二、第三層次人選、江蘇省“青藍(lán)工程”學(xué)術(shù)帶頭人、優(yōu)秀骨干教師、江蘇省“六大人才高峰”高層次人才、南通市跨世紀(jì)學(xué)術(shù)帶頭人、南通市“ 226” 工程中青年科學(xué)技術(shù)帶頭人、南通市優(yōu)秀科技工作者、南通市教學(xué)名師等一大批優(yōu)秀人才。李大潛、楊樂等10多位國內(nèi)外著名院士、專家被聘為學(xué)院兼職教授。
　　學(xué)院教學(xué)、科研成果豐碩。在近幾屆的全國及省市的“挑戰(zhàn)杯”、大學(xué)生數(shù)學(xué)建模競賽、師范生教學(xué)基本功大賽、大學(xué)生物理競賽、大學(xué)生物理創(chuàng)新競賽、高等數(shù)學(xué)競賽中多次獲得國際、全國和江蘇省一等獎。在代數(shù)與組合、偏微分方程、運(yùn)籌與控制、分析理論及其應(yīng)用、理論物理、光學(xué)、凝聚態(tài)物理、原子與分子物理等方向的科學(xué)研究方面取得了豐碩成果。近5年，教師以第一作者（或通訊作者）共發(fā)表SCI和EI論文200余篇，獲國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目和社會科學(xué)基金立項(xiàng)資助20余項(xiàng)，獲得國家重大項(xiàng)目子項(xiàng)目立項(xiàng)資助1項(xiàng)，省部級項(xiàng)目近10項(xiàng)，獲得多項(xiàng)省市科研進(jìn)步獎。
近5年學(xué)院培養(yǎng)碩士研究生近100名，本科生近1300名。其中獲省優(yōu)秀研究生學(xué)位論文3篇，獲省研究生創(chuàng)新計(jì)劃項(xiàng)目4項(xiàng)，獲省優(yōu)秀學(xué)生干部、省三好生10多名，獲校優(yōu)秀畢業(yè)生近100名。畢業(yè)生專業(yè)基礎(chǔ)扎實(shí)，知識面廣，動手能力強(qiáng)，深受用人單位的歡迎，近幾年來畢業(yè)生就業(yè)率平均都在98%以上，2017年被評為南通大學(xué)研究生就業(yè)工作先進(jìn)集體，2018考研錄取率達(dá)24%，創(chuàng)歷史新高。
學(xué)院黨建工作先后獲得南通大學(xué)先進(jìn)基層黨組織、黨日活動優(yōu)秀組織獎等多項(xiàng)獎勵，2017年榮獲南通高校學(xué)生思想政治教育工作先進(jìn)集體。