《控制科學與工程》（學術(shù)型、一級學科）碩士學位授權(quán)點的前身是計算機科學學院的《系統(tǒng)理論》（學術(shù)型、二級學科）碩士學位授權(quán)點：《系統(tǒng)理論》于2007年開始招生，直至2016年連續(xù)招收了10屆研究生；2015年12月，經(jīng)廣東省學位委員會審議、國務(wù)院學位委員會批準，《系統(tǒng)理論》調(diào)整為《控制科學與工程》，并獲批為2016年廣東省優(yōu)勢重點學科。目前，《控制科學與工程》碩士學位授權(quán)點由計算機科學學院聯(lián)合自動化學院和數(shù)學與系統(tǒng)科學學院共同建設(shè)，建有1個國家級和1個省級工程實踐教育中心、1個省級實驗教學示范中心、2個省級聯(lián)合培養(yǎng)研究生基地，擁有“廣州市數(shù)字內(nèi)容處理及其安全性重點實驗室”、廣東省普通高校國際暨港澳臺合作“深度學習與壓縮感知數(shù)據(jù)處理平臺”、“廣東省民族發(fā)展大數(shù)據(jù)工程技術(shù)研究中心”等平臺，擁有一支德才兼?zhèn)?、科研實力突出、科研成果豐富、愛崗敬業(yè)的指導教師隊伍。
本學科致力于培養(yǎng)德智體全面發(fā)展、具有高水平綜合素質(zhì)、適應我國尤其是廣東地區(qū)經(jīng)濟建設(shè)和社會發(fā)展需要的控制科學與工程領(lǐng)域的高級專門人才。本學科下設(shè)“系統(tǒng)工程”、“控制理論與控制工程”、“應用數(shù)學與系統(tǒng)建模”、“模式識別與智能系統(tǒng)”、“計算機技術(shù)與控制”、“檢測技術(shù)與自動化裝置”六個二級學科方向，具體如下：
1.系統(tǒng)工程
主要研究方向包括：1）系統(tǒng)科學基礎(chǔ)理論研究，2）系統(tǒng)工程方法的應用研究，3）系統(tǒng)科學原理體系研究，4）大系統(tǒng)、廣義系統(tǒng)穩(wěn)定性的研究，5）復雜系統(tǒng)的理論與應用。
2.控制理論與控制工程
主要研究方向包括：1）控制理論及應用，2）智能信息處理與控制系統(tǒng)，3）分布參數(shù)控制，4）復雜系統(tǒng)辨識，5）故障診斷與容錯控制。
3.系統(tǒng)建模與應用數(shù)學
主要研究方向包括：1）復雜網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)動態(tài)規(guī)劃中的圖論研究，2）建模與仿真中的代數(shù)理論研究，3）偏微分數(shù)學模型的定性研究，4）數(shù)值優(yōu)化理論與算法。
4.模式識別與智能系統(tǒng)
主要研究方向包括：1）機器學習和數(shù)據(jù)挖掘的理論與算法，2）大數(shù)據(jù)及智能信息系統(tǒng)，3）智能圖形圖像處理及應用，4）智能計算與系統(tǒng)。
5.計算機技術(shù)與控制
主要研究方向包括：1）數(shù)字內(nèi)容安全技術(shù)，2）數(shù)據(jù)訪問控制技術(shù)，3）物聯(lián)網(wǎng)應用技術(shù)，4）計算機應用技術(shù)。
6.檢測技術(shù)與自動化裝置
主要研究方向包括：1）機器人運動控制，2）測控系統(tǒng)通信與網(wǎng)絡(luò)， 3）檢測技術(shù)，4）智能儀器儀表，5）數(shù)控技術(shù)及數(shù)字化裝備。