南開大學(xué)醫(yī)學(xué)院采用加強(qiáng)基礎(chǔ)，注重素質(zhì)，面向臨床的辦學(xué)模式組織實(shí)施研究生教學(xué)。旨在培養(yǎng)具有良好的思想品德和職業(yè)道德、較廣泛的社會(huì)科學(xué)知識、較寬厚的自然科學(xué)背景、較扎實(shí)的醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)理論、較熟練的專業(yè)實(shí)踐技能、有解決臨床實(shí)際問題和獨(dú)立科研工作能力、有較強(qiáng)的創(chuàng)新精神和發(fā)展?jié)撃艿牡轮求w全面發(fā)展的高級醫(yī)學(xué)專門人才。目前采用聯(lián)合辦學(xué)的教育體制，天津市多家三級甲等醫(yī)療院所是醫(yī)學(xué)院的附屬醫(yī)院和臨床醫(yī)院。2007年與中國人民解放軍總醫(yī)院（301醫(yī)院）簽約成為南開大學(xué)教學(xué)醫(yī)院，極大豐富了醫(yī)學(xué)院的臨床教學(xué)資源。醫(yī)學(xué)院與聯(lián)合辦學(xué)單位在臨床人才培養(yǎng)、學(xué)科建設(shè)、教學(xué)科研等領(lǐng)域開展全方位合作，特別是解放軍總醫(yī)院以一流專家云集、學(xué)科優(yōu)勢突出、臨床資源豐富、醫(yī)療技術(shù)優(yōu)良而著稱。截至目前我院和聯(lián)合辦學(xué)單位共有博士生導(dǎo)師98位；碩士生導(dǎo)師158位，其中在301醫(yī)院聘任包括四名中國工程院院士在內(nèi)博士研究生導(dǎo)師70余人，已和301醫(yī)院聯(lián)合培養(yǎng)博士研究生150余人；碩士研究生500余人。

截至2016年，醫(yī)院擁有：

一級學(xué)科博士授權(quán)一個(gè)——臨床醫(yī)學(xué)博士學(xué)位授權(quán)。自2011年9月開始正式招收臨床醫(yī)學(xué)博士研究生，目前已開設(shè)八個(gè)二級專業(yè)，包括：內(nèi)科學(xué)、外科學(xué)、婦產(chǎn)科學(xué)、老年醫(yī)學(xué)、腫瘤學(xué)、眼科學(xué)、耳鼻咽喉科學(xué)、影像醫(yī)學(xué)與核醫(yī)學(xué)。

一級學(xué)科碩士授權(quán)4個(gè)——臨床醫(yī)學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、食品科學(xué)與工程。臨床醫(yī)學(xué)自1999年為七年制的學(xué)生授予學(xué)位，并開始招收三年制研究生；基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)自2011年9月開始正式招收碩士研究生；口腔醫(yī)學(xué)自2007年開始正式招收碩士研究生；食品科學(xué)與工程自2018年開始正式招收碩士研究生。

一級碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)二個(gè)——臨床醫(yī)學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位、口腔醫(yī)學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位。醫(yī)學(xué)院與天津市人民醫(yī)院聯(lián)合培養(yǎng)臨床醫(yī)學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位研究生，與天津市口腔醫(yī)院聯(lián)合培養(yǎng)口腔醫(yī)學(xué)碩士研究生。學(xué)生在學(xué)期間同時(shí)參加住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)，住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)合格證、執(zhí)業(yè)醫(yī)師資格證與碩士畢業(yè)及學(xué)位申請相關(guān)聯(lián)，專業(yè)碩士培養(yǎng)實(shí)現(xiàn)四證合一的教育體制。醫(yī)學(xué)院自2006年9月開始正式招收臨床醫(yī)學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位研究生，現(xiàn)已開設(shè)7個(gè)專業(yè)領(lǐng)域：內(nèi)科學(xué)、外科學(xué)、婦產(chǎn)科學(xué)、兒科學(xué)、影像醫(yī)學(xué)與核醫(yī)學(xué)、腫瘤學(xué)、全科醫(yī)學(xué)；2015年9月開始招收口腔醫(yī)學(xué)專業(yè)碩士，全面招收口腔臨床醫(yī)學(xué)各專業(yè)研究生。