新疆醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院前身為新疆醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部，成立于1984年，1998年新疆醫(yī)學(xué)院和新疆中醫(yī)學(xué)院合并成立新疆醫(yī)科大學(xué)后，于1999年11月更名為新疆醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。歷經(jīng)幾十年的建設(shè)，為大學(xué)培養(yǎng)各級(jí)各類醫(yī)學(xué)專門人才做出了突出的貢獻(xiàn)。2016年基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)科獲自治區(qū)“十三五”重點(diǎn)學(xué)科。病原生物學(xué)學(xué)科獲自治區(qū)二級(jí)重點(diǎn)學(xué)科。學(xué)院擁有1個(gè)國家級(jí)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心、2個(gè)省部共建重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、2個(gè)自治區(qū)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室等；現(xiàn)有國家“千人計(jì)劃”青年項(xiàng)目入選者2名，國家教學(xué)名師1名，自治區(qū)教學(xué)名師6名。
學(xué)院于2018年獲基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，并有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)（病理與病理生理學(xué)、病原生物學(xué)、免疫學(xué)、人體解剖學(xué)與組織胚胎學(xué)、法醫(yī)學(xué)5個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)）和生物學(xué)（生理學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)和遺傳學(xué)3個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)）兩個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。設(shè)置有病理學(xué)、病理生理學(xué)、人體解剖學(xué)、組織胚胎學(xué)、微生物學(xué)、寄生蟲學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)、生理學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、免疫學(xué)、法醫(yī)學(xué)等11個(gè)教研室和形態(tài)、機(jī)能兩個(gè)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心。學(xué)院現(xiàn)有專任教師127名（截至2018年6月），其中副教授以上教師80人（62.99%），45歲以下青年教師98人（77.17%），具有碩士及以上學(xué)位教師115人（90.55%）。
學(xué)院擁有教育部第二期來華留學(xué)英文授課品牌課程1門，自治區(qū)精品課程4門，校級(jí)精品資源共享課程5門，校級(jí)精品視頻公開課5門。學(xué)院教學(xué)實(shí)驗(yàn)室總面積10300平方米，儀器設(shè)備4610臺(tái)（套），教學(xué)設(shè)備總值6184.6萬元。
   近五年，學(xué)院承擔(dān)國家及省部級(jí)科研項(xiàng)目196項(xiàng)，總經(jīng)費(fèi)達(dá)5716.76萬元。共發(fā)表各類科研論文600余篇，其中SCI 收錄215篇。獲得專利5項(xiàng)，自治區(qū)科技成果獎(jiǎng)18項(xiàng)。學(xué)院與北京大學(xué)、吉林大學(xué)、中南大學(xué)等對口援疆高校建立了密切的合作關(guān)系，并聯(lián)合培養(yǎng)青年教師和博士研究生。
學(xué)院承擔(dān)學(xué)校本科24個(gè)專業(yè)33門醫(yī)學(xué)專業(yè)基礎(chǔ)課程和2門專業(yè)選修課，還承擔(dān)國際教育學(xué)院、繼續(xù)教育學(xué)院和臨床醫(yī)學(xué)院的教學(xué)工作，是我校醫(yī)學(xué)教育教學(xué)計(jì)劃實(shí)施的重要執(zhí)行單位。