1956年9月，中央音樂學(xué)院在全國音樂藝術(shù)院校中，率先建立了音樂學(xué)系(Musicology Department )。經(jīng)過近60年的辛勤工作，音樂學(xué)系在學(xué)科建設(shè)上已形成相對完整的教學(xué)體系和相對雄厚的學(xué)術(shù)力量。1982年，國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)中央音樂學(xué)院音樂學(xué)學(xué)科為碩士學(xué)位授權(quán)點；1988年，為博士學(xué)位授權(quán)點。目前，除音樂學(xué)專業(yè)外，音樂藝術(shù)管理和音樂治療專業(yè)也具有碩士學(xué)位授權(quán)資格。在音樂學(xué)學(xué)科的專業(yè)設(shè)置、課程結(jié)構(gòu)、師資隊伍、學(xué)術(shù)研究、人才培養(yǎng)等方面，中央音樂學(xué)院音樂學(xué)系站在全國音樂學(xué)學(xué)科建設(shè)與發(fā)展前列，是中國音樂學(xué)學(xué)科教學(xué)和研究的一個重要基地。
　　音樂學(xué)系目前設(shè)中國音樂史、中國傳統(tǒng)音樂理論、西方音樂史、音樂美學(xué)、世界民族音樂理論、音樂藝術(shù)管理、音樂治療7個專業(yè)方向，有民族音樂實驗室、多媒體工作室、世界音樂演奏實習(xí)中心、歐洲早期音樂中心、音樂美學(xué)研究中心、音樂心理學(xué)研究室，另附設(shè)中央音樂學(xué)院遠(yuǎn)程教育學(xué)院認(rèn)證課室。各專業(yè)所設(shè)課程總和已超過80余門。在這些理論課程中，有多門在國內(nèi)屬唯一開設(shè)。所有主干課程（含中國傳統(tǒng)音樂、中國音樂史、西方音樂史、世界民族音樂、音樂美學(xué)）均具有我系教師自編教材和現(xiàn)代化教學(xué)能力。從建系至今，音樂學(xué)系教師已出版和發(fā)表專著、教材和論文萬余部（篇），許多研究成果填補了國內(nèi)外音樂學(xué)學(xué)科建設(shè)的空白，并被國內(nèi)和海外多所院校采用。
　　音樂學(xué)系現(xiàn)有教授24名（含外籍特聘教授2名），副教授8名；博士生指導(dǎo)教師26名（含4名外聘博導(dǎo)），碩士生指導(dǎo)教師45名（含博士生導(dǎo)師）；另有講師4名，助教1名，外聘教師4名。
　　2015年，音樂學(xué)系在校學(xué)生共275人，其中本科生音樂學(xué)專業(yè)80人，藝術(shù)管理專業(yè)27人，音樂治療專業(yè)28人；碩士研究生90人，博士生50人。