學院成立于1984年，原為浙江中醫(yī)學院基礎(chǔ)部，1999年更名為基礎(chǔ)醫(yī)學系，2006年更名為基礎(chǔ)醫(yī)學院，2016年新增設(shè)公共衛(wèi)生學院。學院擁有4個行政科室、2個校級研究所、6個研究所、12個教研室、3個實驗教學中心、2個科研實驗室和1個中醫(yī)門診部。學院目前有教職工138人，具有副高級專業(yè)技術(shù)職務(wù)以上人員59人（其中正高22人、副高37人），具有博士學位人員90人，占65.2%；擁有全國中醫(yī)藥高等學校教學名師1人，國家973項目首席科學家1人，“國家百千萬人才工程”2人，享受國務(wù)院特殊津貼專家2人，全國名中醫(yī)1人，全國老中醫(yī)藥專家學術(shù)經(jīng)驗繼承工作指導老師1人，省特級專家1人，省突出貢獻中青年專家1人，省“QR”專家1人，省“151人才工程”重點資助對象2人、第一層次資助對象4人，第三層次資助對象1人，省衛(wèi)生創(chuàng)新人才2人，省高校中青年學科帶頭人5人，省高校中青年學科帶頭人培養(yǎng)對象6人。擁有國家重點學科1個，國家中醫(yī)藥管理局重點學科4個，浙江省一流學科1個，浙江省重中之重學科1個，浙江省重點學科1個，浙江省中醫(yī)藥重點學科3個。國家中醫(yī)藥管理局重點研究室1個，國家中醫(yī)藥管理局三級實驗室1個，浙江省省級重點實驗室1個。省級重點科技創(chuàng)新團隊1個，國家中醫(yī)藥管理局協(xié)同創(chuàng)新中心1個，浙江省“2011”協(xié)同創(chuàng)新中心1個，浙江省中醫(yī)藥科技創(chuàng)新平臺1個，浙江省中醫(yī)藥科研重點實驗室1個。國家級精品資源共享課2門，國家級精品慕課1門，省級精品資源共享課2門，省級精品慕課1門；國家級教學團隊和省級教學團隊各1個，學院現(xiàn)有博士生導師17人，碩士生導師43人，擁有中醫(yī)學博士后流動站，博士點5個，碩士點6個，目前在讀中醫(yī)學博士39名、碩士134名，預(yù)防醫(yī)學專業(yè)本科生483名