浙江中醫(yī)藥大學(xué)藥學(xué)院始建于1986年，前身為中藥系，1999年更名為藥學(xué)系，2006年更名為藥學(xué)院。1986年設(shè)立中藥學(xué)專業(yè)，1994年設(shè)立中藥學(xué)本科專業(yè)，2000年設(shè)立藥物制劑專業(yè)，2001年設(shè)立藥學(xué)專業(yè)，2003年設(shè)立食品科學(xué)與工程專業(yè)（2018年轉(zhuǎn)設(shè)為食品衛(wèi)生與營養(yǎng)專業(yè)），2011年設(shè)立中草藥栽培與鑒定，共5個本科專業(yè)，在校全日制本科生1500余人。其中中藥學(xué)專業(yè)為國家級特色專業(yè)、浙江省重點專業(yè)，并于2015年通過教育部專業(yè)認(rèn)證；藥學(xué)專業(yè)為浙江省新興特色專業(yè)；藥物制劑專業(yè)為浙江省重點建設(shè)專業(yè)。中藥學(xué)學(xué)科為浙江省“重中之重”學(xué)科、浙江省一流學(xué)科（A類）、浙江省重點建設(shè)高校優(yōu)勢特色學(xué)科，藥學(xué)學(xué)科為浙江省一流學(xué)科（B類），藥理學(xué)與毒理學(xué)學(xué)科為ESI全球前1%學(xué)科；中藥學(xué)教學(xué)團(tuán)隊為浙江省教學(xué)團(tuán)隊。
學(xué)院現(xiàn)設(shè)有浙八味、現(xiàn)代中藥與健康產(chǎn)品、中藥資源學(xué)等3個校級研究所；中藥制劑與炮制、中藥藥理學(xué)等10個院級研究所和教研室。擁有中藥學(xué)國家級實驗教學(xué)示范中心建設(shè)點、藥學(xué)省級實驗教學(xué)示范中心和中藥制劑實驗室、中藥資源工程學(xué)實驗室等6個浙江省重點專項實驗室；中藥學(xué)、藥學(xué)2個一級學(xué)科碩士點，有中藥學(xué)博士點和中藥學(xué)博士后科研工作流動站。經(jīng)過30余年的建設(shè)與發(fā)展，藥學(xué)院已逐步建成以中藥學(xué)學(xué)科群為優(yōu)勢和特色，以藥學(xué)和食品科學(xué)與營養(yǎng)學(xué)科群為基礎(chǔ)和支撐，具有一定國際影響、國內(nèi)知名的教學(xué)研究型學(xué)院。
學(xué)院現(xiàn)有教職員工132人，其中正高職稱32人，副高職稱30人，博士生導(dǎo)師17人，碩士生導(dǎo)師22人。擁有中國工程院院士1人、享受國務(wù)院特殊津貼專家2人、國家重點學(xué)科帶頭人1人、國家“優(yōu)青”獲得者1人、浙江省有突出貢獻(xiàn)中青年專家1人、浙江省“QR”入選者2人、浙江省“錢江學(xué)者”特聘教授4人，浙江省“新世紀(jì)151人才工程”入選者14人，浙江省高校中青年學(xué)科帶頭人9人，二級教授2人、浙江省教學(xué)名師1人，全國優(yōu)秀教師1人、浙江省優(yōu)秀教師3人。