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2002年和2007年，學(xué)校先后兩次在教育部組織的本科教學(xué)工作水平評估中獲得“優(yōu)秀”成績；2010年12月，中醫(yī)學(xué)專業(yè)通過教育部試點認證；2016年，物理治療學(xué)（PT）和作業(yè)治療學(xué)（OT）兩個培養(yǎng)方向分別通過世界物理治療聯(lián)盟（WCPT）、世界作業(yè)治療聯(lián)盟（WFOT）的認證。
據(jù)2017年1月學(xué)校官網(wǎng)信息顯示，學(xué)校擁有3門國家級精品課程、4個國家級特色專業(yè)、1門國家級雙語教學(xué)示范課程、1個國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)、2門國家級精品視頻公開課、3門國家級精品資源共享課、1個國家級專業(yè)綜合改革試點、2項國家級卓越醫(yī)生（中醫(yī)）教育培養(yǎng)計劃改革試點項目、5個省級實驗教學(xué)示范中心、1個國家級大學(xué)生校外實踐教育基地和92項國家級大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓(xùn)練計劃項目；在近兩屆教學(xué)成果評選中獲國家級二等獎1項，省級特等獎3項、一等獎5項、二等獎9項。
國家級精品課程：康復(fù)護理學(xué)、中醫(yī)診斷學(xué)、中醫(yī)骨傷科學(xué)基礎(chǔ) 
國家級特色專業(yè)：中醫(yī)學(xué)、針灸推拿學(xué)、護理學(xué)、中西醫(yī)臨床醫(yī)學(xué)
國家級雙語教學(xué)示范課程：經(jīng)絡(luò)俞血學(xué)
國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)：中醫(yī)師承人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)
國家級精品視頻公開課：中醫(yī)健康理念、經(jīng)絡(luò)養(yǎng)生一點通 
國家級精品資源共享課：康復(fù)護理學(xué)、中醫(yī)診斷學(xué)、中醫(yī)骨傷科學(xué)基礎(chǔ)
國家級專業(yè)綜合改革試點：中醫(yī)學(xué) 
國家級大學(xué)生校外實踐教育基地：福建中醫(yī)藥大學(xué)附屬人民醫(yī)院 
省級實驗教學(xué)示范中心：中藥學(xué)實驗教學(xué)中心、中西醫(yī)臨床技能實踐教學(xué)中心、中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實驗教學(xué)中心、中西醫(yī)護理技能實踐教學(xué)中心、康復(fù)實踐教學(xué)中心

學(xué)科建設(shè)
據(jù)2017年1月學(xué)校官網(wǎng)信息顯示，學(xué)校有2個博士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科，17個博士學(xué)位授權(quán)點，有6個碩士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科，46個碩士學(xué)位授權(quán)點，有4個碩士專業(yè)學(xué)位類別；有2個博士后科研流動站；有國家中醫(yī)藥管理局重點學(xué)科20個、福建省重點學(xué)科7個、福建省特色重點學(xué)科2個。
博士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科：中醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合
碩士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科：中醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合、臨床醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、中藥學(xué)、護理學(xué)
碩士專業(yè)學(xué)位類別：中醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)、藥學(xué)、護理學(xué)
博士后科研流動站：中醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合
國家中醫(yī)藥管理局重點學(xué)科：傷寒學(xué)、中醫(yī)文獻學(xué)、方劑學(xué)、中醫(yī)診斷學(xué)、中醫(yī)脾胃病學(xué)、中醫(yī)骨傷科學(xué)、中醫(yī)康復(fù)學(xué)、中醫(yī)護理學(xué)、針灸學(xué)、中藥化學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合臨床、內(nèi)經(jīng)學(xué)、中醫(yī)急診學(xué)、中醫(yī)養(yǎng)生學(xué)、推拿學(xué)、中藥分析學(xué)、臨床中藥學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)、中醫(yī)心理學(xué)、中醫(yī)預(yù)防醫(yī)學(xué)
福建省重點學(xué)科：中西醫(yī)結(jié)合、護理學(xué)、康復(fù)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、中藥學(xué)、中醫(yī)學(xué)
福建省特色重點學(xué)科：中西醫(yī)結(jié)合、臨床醫(yī)學(xué)（康復(fù)醫(yī)學(xué)方向）