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 中國科學院數(shù)學與系統(tǒng)科學研究院成立于1998年12月，是由中科院數(shù)學研究所(建于1952年)、應用數(shù)學研究所(建于1979年)、系統(tǒng)科學研究所(建于1979年)及計算數(shù)學與科學工程計算研究所(建于1995年)等四個研究所整合而成。
　　研究院是一個綜合性的國立學術研究機構，覆蓋了數(shù)學與系統(tǒng)科學的主要研究方向。研究院新時期的辦院方針是：在數(shù)學與系統(tǒng)科學領域，面向國際發(fā)展前沿，面向國家戰(zhàn)略需求，做出原創(chuàng)性、突破性和關鍵性的重大理論成果與應用成果，造就具有國際重要影響的學術帶頭人和一批杰出人才。研究院的發(fā)展目標是：在數(shù)學與系統(tǒng)科學領域內，成為國際上有重要影響的研究中心、培養(yǎng)和造就高級研究人才的著名中心、國民經濟和國防建設有關問題研究和咨詢的重要中心。
　　研究院除了下屬的四個研究所以外，還有國家數(shù)學與交叉科學中心、科學與工程計算國家重點實驗室、中科院管理決策與信息系統(tǒng)重點實驗室、中科院系統(tǒng)控制重點實驗室、中科院數(shù)學機械化重點實驗室、華羅庚數(shù)學重點實驗室、隨機復雜結構與數(shù)據(jù)科學重點實驗室，以及中科院晨興數(shù)學中心和中科院預測科學研究中心等。2000年以來根據(jù)學科發(fā)展和實際需求又先后成立了13個交叉研究中心，分別是生物信息學研究中心、動力系統(tǒng)研究中心、圖論組合網(wǎng)絡研究中心、信息安全研究中心、復雜系統(tǒng)研究中心、偏微分方程及其應用中心、統(tǒng)計科學研究中心、優(yōu)化與應用研究中心、質量與數(shù)據(jù)科學研究中心、數(shù)論與幾何研究中心、隨機分析研究中心、量子計算與量子信息處理研究中心和調和分析及其應用研究中心。
　　五十余年來，研究院薈萃了我國一大批著名數(shù)學家和系統(tǒng)科學家。四個研究所的科研人員在理論研究和實際應用方面，為我國數(shù)學和系統(tǒng)科學的發(fā)展以及國民經濟和國防建設做出了重要的貢獻，獲得各種科技獎勵近500項，其中包括首屆國家最高科學技術獎(吳文俊)，4項國家自然科學獎一等獎(華羅庚“典型域上的多元復變數(shù)函數(shù)論”，吳文俊“示性類與示嵌類的研究”，陳景潤和王元等“哥德巴赫猜想研究”，馮康等“哈密爾頓系統(tǒng)的辛幾何算法”)，1項國家科技進步獎特等獎，23項國家自然科學二等獎以及一些重要的國際學術獎勵。不少重要的應用成果受到中央領導和實際部門的充分肯定，顯示了數(shù)學和系統(tǒng)科學理論在國民經濟主戰(zhàn)場的作用。
　　研究院科研隊伍實力雄厚，現(xiàn)有職工370余人，其中科研人員249人，包括中國科學院院士18人，中國工程院院士1人，第三世界科學院院士6人，中科院“百人計劃”入選者和國家杰出青年基金獲得者約80人。自招收第一批研究生至今，已為國家培養(yǎng)碩士研究生1565名，博士研究生1781名，博士后232人。研究院下屬的四個研究所是我國最早被批準具有碩士、博士學位授予權的單位之一，是首批國家批準的博士后流動站之一。全院13個博士點分布在數(shù)學、系統(tǒng)科學、管理科學與工程、計算機科學與技術和統(tǒng)計學五個一級學科中。
　　研究院貫徹"開放、流動、聯(lián)合，面向全國、面向世界"的方針，每年接待300余位國內外訪問學者,與國內外學術機構有廣泛的交流合作關系。研究院擁有全國館藏最為豐富的數(shù)學專業(yè)圖書館，訂有大量國外期刊，藏書逾21萬冊。研究院有先進的計算機及網(wǎng)絡系統(tǒng)，包括萬億次機群(聯(lián)想深騰1800)和超級計算服務器，帶有多種大型數(shù)學軟件包。
　　掛靠在研究院的全國一級學會有中國數(shù)學會、中國運籌學會、中國系統(tǒng)工程學會。研究院主辦13種國內著名學術刊物：數(shù)學學報(中、英文版)、應用數(shù)學學報(中、英文版)、系統(tǒng)科學與數(shù)學(中文版)、系統(tǒng)科學與復雜性(英文版)、計算數(shù)學(中、英文版)等。
　　“數(shù)系天地，勤篤求真”是研究院的理念。數(shù)學與系統(tǒng)科學來源于自然和實踐，同時又服務于自然科學與社會實踐，“自然界的奧秘是用數(shù)學語言寫成的”，數(shù)學是理解天地間萬物的工具和基礎。勤奮、踏實、執(zhí)著是治學者所應具備的最基本的品質。作為數(shù)學與系統(tǒng)科學研究工作者，應當勤思篤行，具有只爭朝夕、腳踏實地、甘于寂寞、堅持不懈的工作作風。為了探索和追求科學真理，應當具有敢于挑戰(zhàn)困難、敢為天下先的自信心；具有不怕失敗、不怕非議、不怕磨難的科學精神；具有理論“頂天”、應用“立地”的奮斗目標。