馬克思主義學(xué)院是直屬學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)的二級(jí)教學(xué)和管理機(jī)構(gòu)，是學(xué)校馬克思主義理論學(xué)科點(diǎn)的依托單位。其前身為云南農(nóng)業(yè)大學(xué)馬列主義教研室，1991年改建為社會(huì)科學(xué)部，1993年更名為人文社會(huì)科學(xué)部，2001年成立人文社會(huì)科學(xué)學(xué)院，2011年4月獨(dú)立設(shè)置思想政治理論教研部，2013年5月更名為馬克思主義學(xué)院。
學(xué)院主管全校本科生、碩士研究生和博士研究生思想政治理論課的改革與建設(shè)。面向本科層次開設(shè)全校公共課《馬克思主義基本原理概論》、《中國(guó)近現(xiàn)代史綱要》、《毛澤東思想和中國(guó)特色社會(huì)主義理論體系概論》、《思想道德修養(yǎng)與法律基礎(chǔ)》、《形勢(shì)與政策》及相關(guān)選修課程。面向碩士研究生、博士研究生開設(shè)公共課《自然辯證法》、《中國(guó)特色社會(huì)主義理論與實(shí)踐研究》、《中國(guó)馬克思主義與當(dāng)代》。
學(xué)院現(xiàn)有教職工37人，其中教授3人，副教授18人，講師15人，助館1人。學(xué)院下設(shè)5個(gè)教研室、3個(gè)研究所（中心）、3個(gè)辦事服務(wù)機(jī)構(gòu)。5個(gè)教研室：馬克思主義基本原理概論教研室、毛澤東思想和中國(guó)特色社會(huì)主義理論體系概論教研室、中國(guó)近現(xiàn)代史綱要教研室、思想道德修養(yǎng)與法律基礎(chǔ)教研室、形勢(shì)與政策教研室。3個(gè)研究所（中心）：科學(xué)技術(shù)史研究所、馬克思主義與“三農(nóng)”問題研究中心、南亞東南亞政黨研究中心。3個(gè)辦事服務(wù)機(jī)構(gòu)：黨群辦公室、綜合辦公室、學(xué)位與研究生教育辦公室。
學(xué)院有科學(xué)技術(shù)史一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)1個(gè)，有馬克思主義基本原理、科學(xué)技術(shù)史、中國(guó)地方農(nóng)業(yè)科學(xué)技術(shù)史、少數(shù)民族科學(xué)技術(shù)史二級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)授權(quán)點(diǎn)4個(gè)，在校碩士研究生60多人。
學(xué)院明確提出以教學(xué)為本、科研為支撐、學(xué)科為龍頭、師資為核心、黨建為保障的辦院思路，積極推進(jìn)教學(xué)研究型學(xué)院建設(shè)，通過全院教師的共同努力，在教學(xué)改革、科研立項(xiàng)、隊(duì)伍建設(shè)、黨建工作等方面取得了顯著的成績(jī)。